在大会主席马长生教授倡导下，会议组织结构将有学术组织和会务组织两套班子。

学术组织采取大会主席轮值制，每年轮换。长城会的学术组织将由大会主席-执行主席-论坛主席三级共同组成。大会主席对大会的总体组织、学术方向设定、形式与内容创新等负全责。执行主席负责会议各分项工作的组织事务，论坛主席主要负责各板块学术日程的制定。

组委会作为常设工作机构，在组委会主席领导下提供更为专业和高水平的会议服务。在组委会主席下设秘书处，秘书长负责具体事务。为保证办会质量和效率，组委会增设了新的机构部门，引入了专业的会务人员。高水平的会务服务将使学术会议更加专业化和标准化。